미션 43은 연구 도중 사고로 ‘성대충’이 '마더베이스' 격리구역에 퍼지면서 이야기가 시작된다. 

 

먼저 헬기에서 내리면 사진처럼 하얀색 통로가 보인다. 그곳으로 이동하자. 노란색 마커로 표시되는 만큼 쉽게 찾을 수 있다. 

 

 

통로로 내려오면 피를 토하고 죽어가고 있는 연구원과 군인 등 아수라장이 된 격리구역을 볼 수 있다. 전투는 없으니 격리구역 꼭대기로 이동하자.

꼭대기에 도착하면 사진처럼 잠금 장치가 걸린 문이 보인다. 이 문을 열면 컷신이 나오며 이야기가 진행된다.

 

 

이전과 달리 ‘성대충’에 감염된 동료는 치료가 불가능할 정도로 악화된 상태다. 따라서 해결을 위해서는 ‘성대충’ 감염자를 모두 죽여야 한다. 아래로 한 층씩 내려가며 모든 방을 꼼꼼히 확인하자. 

 

감염자를 처리하며 1층에 도착하면 주변을 살펴보자. 그러면 아래로 내려가는 길이 보이는데 이 곳을 통해 내려가자. 그 뒤 잠긴 방문을 열고 들어가면 사진처럼 죽음을 담담하게 받아들이는 동료들의 모습을 확인할 수 있다. 이들을 모두 처치한 뒤 주변을 살펴보면 감염되지 않은 병사가 한 명 있다. 그를 업고 밖으로 나가자.

 

출구에 다다르면 ‘스네이크’가 업고 있던 병사에게도 ‘성대충’ 감염 증상이 나타난다. 미션 완수를 위해서는 마지막 남은 병사도 죽여야 한다.

 

 

희생한 동료를 절대 잊지 않겠다는 말과 함께 이번 미션이 마무리된다. 이후 미션인 44번은 13번(바로가기)과 진행 방법이 같다. 

 

메인 미션을 이어서 진행하려면 새로 입수한 카세트 테이프를 모두 들어야 한다. 이전과 마찬가지로 ‘노란색 숫자’가 사라질 때까지 카세트 테이프를 듣자. 이후 사이드 미션 4개를 진행하면, 무전으로 ‘에미릭’의 배반행위를 알아냈다는 소식이 들려오면서 ‘마더베이스’로 자동 이동된다.

 

 

‘스네이크’는 ‘에미릭’ 박사가 '일라이'의 ‘메탈기어’ 탈환을 돕고 ‘성대충’을 전염시켰다는 사실을 알게 된다. 진실을 접한 ‘스네이크’는 ‘에미릭’ 박사를 ‘다이아몬드 독스’에서 쫓아낸다.